España competirá en 15 de las 22 disciplinas del programa oficial. 

Los Juegos Paralímpicos de Tokio 2020 contarán con la presencia de cerca de 4.400 participantes procedentes de al menos 160 países y España competirá en 15 de las 22 disciplinas del programa oficial. 

Un total de 12 federaciones deportivas españolas aportarán deportistas al equipo paralímpico. Se trata de un récord histórico de federaciones españolas en unos Juegos Paralímpicos. Las federaciones participantes  se agrupan en función del tipo de discapacidad de sus deportistas: Ciegos (FEDC), Personas con Discapacidad Física (FEDDF), Personas con Discapacidad Intelectual (FEDDI) y Personas con Parálisis Cerebral y Daño Cerebral Adquirido (FEDPC). 

A ellas se suman las federaciones españolas de Remo (FER) y Triatlón (FETRI), y las reales federaciones españolas de Ciclismo (RFEC), Piragüismo (RFEP), Taekwondo (RFET), Tenis (RFET), Tenis de Mesa (RFETM) y Tiro con Arco (RFETA). 

Los Juegos de Pekín 2008 fueron los primeros con representantes de una federación no estrictamente paralímpica, concretamente la Federación Española de Remo (FER), que se unió a la FEDC, la FEDDF y la FEDPC.  

En Londres 2012, el número se amplió a ocho: FEDC, FEDDF, FEDDI, FEDPC, FER, RFEC, RFETM y RFEV. Y en Río 2016 hubo deportistas de 11 federaciones, esto es, las mismas que en Tokio 2020 con la incorporación de la de remo y la de taekwondo, y la baja de la de vela, que no será deporte paralímpico en la capital japonesa. 

De los 28 deportes que se celebran en los Juegos Paralímpicos de verano y de invierno, los siguientes están integrados en sus respectivas federaciones internacionales olímpicas: bádminton, ciclismo, curling, hípica, piragüismo, remo, taekwondo, tenis, tenis de mesa, tiro con arco y triatlón.  

Estas federaciones internacionales organizan y gestionan las modalidades practicadas por personas con discapacidad de su deporte. Por lo tanto, para poder competir en los campeonatos internacionales que organizan, los deportistas tienen que poseer la licencia de la federación correspondiente. Estas entidades, a su vez, han dado instrucciones a sus federaciones nacionales para que procedan a integrar estas modalidades en cada país. 

En España, 11 federaciones deportivas integradas y presentes en Juegos Paralímpicos están representados en la Asamblea General del Comité Paralímpico Español: bádminton, ciclismo, deportes de hielo, hípica, piragüismo, remo, taekwondo, tenis, tenis de mesa, tiro con arco y triatlón.